Секретаријатот е основан во 2003-та година и функционира како извршно тело во рамки на Националната Комисиј. Во Секретаријатот членуваат претставници од меѓународни организации, здруженија на граѓани и експерти од владини институции.
Членови на Секретаријатот:
- МВР – ЕТЛКМ
- МТСП – НМУ
- ИОМ
- ОБСЕ
- ИЦМПД
- МАРРИ
- УНХЦР
- ГИЗ
- МЗМП
- Програмска канцеларија на Совет на Европа во Скопје
- Делегацијата на Европска Унија
- Амбасада на САД во Р. Северна Македонија
- ЗГ”Отворена Порта- Ла Страда Македонија”
- ЗГ”За Среќно Детство”
- ЗГ„Семпер“
- ЗГ „Еднаков Пристап“
- Црвен крст на Република Северна Македонија.